影魂系统是新版本中增加的一大玩法。影魂是伙伴进阶所必需的一种资源,海贼们进入水之都城镇后就能在安吉利卡处用贝里或者金币进行影魂收集。影魂分为蓝色和紫色的,每次收集都有一定的几率获得紫色影魂,影魂可是伙伴进阶必需的东西,不同的伙伴,在进阶的时候都需要消耗一定的影魂。
进阶后的伙伴,将获得进阶之前更加强悍的属性,伙伴的部分技能也有相应的变化,总的来说,进阶后的伙伴,将拥有更强的实力。比如进阶后的狙击王乌索普,普通攻击可以使用武器“独角仙”,对敌方后排横排造成伤害,必杀则能放出鸟型火焰弹,对后排单体造成伤害,并对周围4个目标造成溅射伤害。而且,部分伙伴形象也发生了巨大的变化,紧贴原著,更具代入感。